Il problema di fondo sta nel fatto che gnome è installato a partire da un metapacchetto e quindi non è esattamente un pacchetto reale ma un wrapper (ovvero contenitori di pacchetti) per il pacchetto reale.
Lo scopo dei metapacchetti è far corrispondere al metapackage il pacchetto reale con la versione di volta in volta più recente. Quindi aptitude non si rende conto delle dipendenze tra i vari pacchetti gnome considerandoli inutili.
Il problema si può risolvere o evitando di installare il metapacchetto e installando invece gnome nella versione più recente oppure seguendo questa procedura.
Per prima cosa puliamo il sistema da tutti quei pacchetti veramente inutili affidandoci al comando:
sudo apt-get autoremoveDopo aver eliminato dal sistema tutti i pacchetti inutili indichiamo ad aptitude di mantenere tutti i pacchetti attulamente installati come sono con il comando
sudo aptitude keep-allPer comprendere meglio la differenza tra i due comandi potete visionare un mio vecchio post, oppure documentarvi attraverso questi link: apt-get e aptitude
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